El Real Decreto 1393/2007, de 29 de octubre, por el que se establece la ordenación de las enseñanzas universitarias oficiales, señala que "los sistemas de Garantía de Calidad, que son parte de los nuevos planes de estudios, son, asimismo, el fundamento para que la nueva organización de las enseñanzas funcione eficientemente y para crear la confianza sobre la que descansa el proceso de acreditación de títulos".
En consecuencia, el establecimiento de un Sistema de Garantía de la Calidad de la Escuela Universitaria Sagrada Familia, dentro de la Universidad de Jaén, constituye una necesidad en el proceso de verificación y acreditación de los títulos en el ámbito europeo de Educación superior.
La Fundación SAFA tiene certificada por AENOR su sistema de calidad bajo la norma ISO 9001 y además, para preservar y cuidar el medio ambiente, tambien esta certificada en ISO 14001. Ambas certificaciones están implantadas desde el año 2001
El diseño de dicho Sistema se expone en un Manual de gestión y en un sistema de procesos y de procedimientos agrupados en Estratégicos (PE), Operativos (PO) y de Soporte (PS).